Bilgili, 1972 yılında İstanbul’da doğdu. Lisans eğitimini Orta Doğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) İnşaat Mühendisliği Bölümü’nde, yüksek lisans eğitimini ise aynı zamanda araştırma görevlisi olduğu Boğaziçi Üniversitesi’nde (BÜ) ulaşım mühendisliği alanında tamamladı. Ayrıca, İstanbul Teknik Üniversitesi’nde (İTÜ) işletme eğitimi yüksek lisans (MBA) eğitimi aldı.

Bilgili, iş yaşamına 1999 yılında Omsan Lojistik’te başladı. Sonra 2002-2005 yılları arasında Arkas Lojistik ve Aras Kargo firmalarında çeşitli görevlerde bulundu. Daha sonra 2005-2019 yılları arasında Mars Lojistik ve Ekol Lojistik firmalarında Genel Müdür olarak görev yaptı.

Ulaştırma Bakanlığı tarafından verilen ÜDY (Üst Düzey Yönetici) i ve IRU tarafından verilen CPC mesleki yetkinlik belgelerine de sahip olan Alper Bilgili, 2011 yılında IRU Karayolu Taşımacılığı Tepe Yöneticisi, 2013, 2015, 2017 yıllarında ise Atlas Yılın Karayolu Taşımacılığı Yöneticisi Ödülleri’ni de almış bulunuyor. Evli ve iki çocuk babası olan Bilgili, iyi derecede İngilizce biliyor.